Zeffirelli je preminuo u svojoj kući u Rimu, u dubokoj starosti koja je prešla 96. godinu. Iako u bogatom opusu broji mnoštvo filmova proizašlih iz njegove redateljske palice, javnosti je najpoznatiji po filmu "Isus iz Nazareta" iz 1978. godine. Ova biografska priča o životu i smrti Isusa Krista osvojila je brojne nagrade te čak dvije nominacije za prestižnu nagradu Emmy. Nakon četiri godine snimanja film je izašao u dva dugometražna dijela i tako postao prvi opsežan film o Isusovu životu.

Osim "Isusa iz Nazareta", Zeffirelli je poznat po ekranizaciji života sv. Franje Asiškoga iz 1983. godine te po filmu o Romeu i Juliji, za kojeg je bio nominiran za Oscara. Filmom se počeo baviti nakon drugog svjetskog rata, u kojem je sâm sudjelovao, a posebno je volio postavljati klasična kazališna i operna djela. Posljednji film režirao je 2002. godine.

Imao je istaknuti politički život, posebice je zagovarao konzervativni stav naspram pobačaja, budući da je i sâm mogao biti pobačen. Naime, njegova majka bila je ljubavnica uglednika te su joj savjetovali da zbog javnosti pobaci dijete.

Osim po filmovima, kršćanska ga populacija može pamtiti po tome što mu je 1978. godine povjerena briga oko ceremonije ustoličenja pape Ivana Pavla II., te priprema za otvorenje Svete godine pet godina kasnije.