Na današnji dan 678. godine postao je papa i nastavio politiku prethodnog pape, Donata. Njegova najveća zasluga je završetak prepirke oko monoteletizma. Borio se da grad Ravenna potpadne pod papinsku vlast, što mu je na kraju i uspjelo, piše Povijest.hr.

Monoteletizam je bio vrlo raširen u istočnom dijelu kršćanskog svijeta – u Konstatinopolu, Antiohiji, Egiptu, Siriji i Palestini. Prema tom naučavanju Isus Krist ima dvije naravi (božansku i ljudsku), ali jednu volju (božansku). Kršćani zapadne struje tvrdili su da Isus ima dvije naravi i prema tome dvije volje. Papa Agato poslao izaslanstvo caru Konstantinu IV. da izvijesti o novim zaključcima. Nakon toga je i on počeo osuđivati monoteletizam. Pravi razlog njegove osude zapravo je bilo bio taj što su sljedbenici monoteletizma živjeli uglavnom na području koje su osvojili Arapi.

Konstantin IV. sazvao je opću sinodu 680. u svojoj palači u Konstantinopolu. Tad je monoteletizam prozvan herezom. Papa Agato, koji je pokrenuo pitanje rješavanja monoteletizma umro je prije kraja opće sinode.