Po njegovoj želji, papa Franjo bit će pokopan u bazilici Svete Marije Velike u Rimu što predstavlja odstupanje od duge tradicije ukopa papa u Vatikanu. U ovoj bazilici već se nalaze grobnice sedmorice papa, a posljednji je bio Klement IX., 1669. godine. Grobnica u koju će biti položeno tijelo pape Franje izrađena je od mramora iz talijanske regije Ligurije, s jednostavnim natpisom “FRANCISCUS” i urezanim prikazom njegova pektorala (prsnog križa). Smještena je u grobnoj niši bočne lađe, između Pavlinske kapele (Kapela Salus Populi Romani) i Sforzine kapele, u bazilici Svete Marije Velike. Grobnica se nalazi u blizini oltara svetog Franje Asiškog.