No, nakon protjerivanja braće franjevaca iz samostana 1991. godine posmrtni ostaci franjevačke kripte doživljavaju opaku nemilost. Srpske paravojne snage grofovske sarkofage su u potpunosti isprevrtali tražeći blago, zlato i nakit ili pak oružje u zemljanom podu. Kriptu su u potpunosti devastirali, iza sebe su ostavili nehumanost i barbarstvo.
 
O tome svjedoči fra Zlatko Špehar.
 
- Strop je bio sav crn od gareži. Na podu su bili razbacani limeni ljesovi. Svi su imali poveću rupu na poklopcu. Zaključio sam da su bili otvarani ručnim bombama. Na desnoj strani, negdje oko sredine ležalo je tijelo pokojnika, bez glave. Glavu sam vidio malo dalje od tijela. Podrobnije sam osvijetlio taj stravičan prizor i zaključio: glava je otrgnuta od tijela. Kroz sredino se vidio trag neke male stazice. Otvorio sam željeznu rešetku i polako, korak po korak slijedio tu stazicu. Ljesove nisam dirao. Prošetao sam i polako se okrenuo drhteći od nekog neshvatljivog osjećaja: Pa ni mrtvima nisu dali mira – posvjedočio je fra Zlatko.
 
Danas je franjevačka kripta u duhu vremena obnovljena u novome stilu. Prvi dio kripte, zamišljen kao molitveni prostor, stavlja se na raspolaganje mnogobrojnim hodočasnicima za molitvu i sakramentalna slavlja, a u drugom dijelu postavljeni su restaurirani sarkofazi grofova Eltz i njihove spomen ploče s popisom pokojnih.
 
Prvi dio kripte, zamišljen kao molitveni prostor, izvrsno je riješen, kao i cijela koncepcija prostora do u zadnji detalj. Isto je i sa drugim dijelom kripte gdje je sve vrlo praktično, funkcionalno i puristički, te s time potpuno u duhu vremena.
 
Danas su obnovljene kripte većim dijelom muzeološkog karaktera, ali ne manje i religioznog. Danas su kripte posvuda vrlo posjećeni objekti i ostavljaju nerijetko najdublje utiske kod posjetitelja. Kako je smrt kao fenomen prilično prognana iz svakodnevnog života modernog čovjeka (cak i smrtni slučaj u obitelji nije vise direktno iskustvo, jer ljudi umiru uglavnom u bolnici, a tada pokojnika preuzimaju pogrebnici, pa se sve svede u biti na kratki pogreb, gdje je također uglavnom sve reducirano…) iskustvo smrti je više 'virtualno' i svakodnevno (mediji, filmovi, vijesti itd.), bez dubljeg, direktnog, osobnog iskustva. Možda jedini prostor koji još uvijek pruža direktan doživljaj smrti i čovjeka 'sukobljava' s osobnom smrtnošću je upravo kripta.
 
Silazak u podzemni prostor, lijesovi, prigušeno svijetlo, 'mistična atmosfera', religiozni simboli, tišina  postižu odmah 'memento mori' efekt i posjetitelji (bilo kao grupa ili pojedinci) mijenjaju odmah svoje ponašanje. Ljudi postaju tihi, zamišljeni i suočeni sa prolaznošću života, s jedne strane, dok s druge pokazuju jasnu težnju za duhovnim i mističnim…onostranim.
 
Kako su u već odavno i režiseri horor filmova otkrili taj 'temendum' i 'fascinosum' kripte, ona je postala i njihov sastavni dio, pa u međuvremenu i ljudi koji nisu religiozni očekuju takav ili sličan prostor i ugođaj.
 
Kako kripta ipak nije samo muzejski prostor, nego prije svega sakralni prostor, središnje mjesto zauzima oltar, kao simbol Krista. Taj oltar nije posvetni oltar jer njegova namjena nije ipak u stalnoj ili redovitoj liturgijskoj uporabi, nego vise simbolična, ali jasno ukazuje na Krista, glavu Crkve, koji je pobijedio smrt, te svi koji preminu u Kristu s njime će i suuskrsnuti.
 
Jedan od najvažnijih efekata u obnovi kripte jest rasvjeta ili osvjetljenje prostora koje je u jednom prigušenom i 'žućkastome' tonu, zapravo najbliže i boji i svjetlosti svijeće. A to nadalje prate i ostali postavljeni elementi u kripti kao što su svijećnjaci i križ na oltaru, zatim brončana kontura grba Eltz na osuariju na podu i aplikacije na sarkofazima.
 
Takav jedan ambijent postiže traženo 'mistično' ozračje.
 
Prvi i drugi dio kripte spaja uski prolaz ili hodnik s masivnim zidovima koji su ujedno i temelji crkve. U drugom dijelu kripte postavljeni su posljednji ostaci iz grofovske obitelji Eltz. U sredini drugoga dijela kripte u zemlji je iskopan oveći prostor s dimenzijama 100x100 cm, omeđen željeznim materijalom koji na sebi ima vrata s mogućnošću otvaranja.
 
Iznad te željezne konstrukcije koja se ne vidi postavljena je spomena ploča u bakru 60x60 cm, na kojoj stoji natpis s grbom:
 
Ossuarium Comitum ab et in Eltz
Dominorum in Vukovar
R. I. P.
 
Na lijevom zidu kripte postavljena je spomen ploča s imenima svih pokojnih iz obitelji grofova Eltz u Vukovaru. Uz sva tri zida postavljeni su restaurirani sarkofazi grofova Eltz. Jedan je muški, drugi ženski i treći dječji sarkofag. Sarkofazi su izrađeni od cink lima sa bogatim iskucanim ukrasima te lijevanim ukrasnim dijelovima. Površina sarkofaga je zaštićena bojom, a ukrasni dijelovi su pozlaćeni imitacijom zlatne boje.
 
Glavni i izvedbeni projekt franjevačke kripte u crkvi i samostanu sv. Filipa i Jakova u Vukovaru izradio je Studio Kušan iz Zagreba u suradnji s Konzervatorskih odjelom Vukovar i nadzornim organom Emilom Kolar; građevinske radove izvela je firma Modular iz Osijeka; stolarske radove Ivica Funarić iz Bilja; elektro radove Parangal iz Osijeka; obnovu ili  restauriranje sarkofaga izveo je Miroslav Benaković iz Osijeka.