Isusovci su došli u Zagreb godinu ranije, 1606., a prostorije u koje su smjestili gimnaziju prije su pripadale napuštenom dominikanskom samostanu. Za opremanje prostorija gimnazije pobrinula se gradska općina i ban Ivan II. Drašković (poznati kardinal Juraj Drašković iz Seljačke bune bio mu je ujak). Priloge su dali i privatni darovatelji, naročito velikaške obitelji. Na dan otvorenja gimnazije izvedena je prva dramska predstava “Actio comica” na latinskom jeziku. Već u prvoj godini upisano je čak 260 učenika.

Bio je to toliko važan dan da je školski kroničar ponosno zapisao kako su “za vrijeme otvaranja gimnazije pred crkvom pucala tri mužara i da je ban Drašković upisao svog najmlađeg sina u prvi razred”. Školska obuka počela je u tri niža, a poslije i u tri viša razreda, s isusovačkim programom klasične izobrazbe obogaćene kršćanskim moralnim principima.

Upis je bio besplatan za sve staleže, školu su uzdržavali dobrotvori, a financirala se i prihodima dobivenima od isusovcima darovanih imanja.

U zagrebačkoj su se gimnaziji tijekom godina školovali vodeći hrvatski umovi, primjerice: Tituš Brezovački, Janko Drašković, Vatroslav Lisinski, August Šenoa, Vatroslav Jagić, Ivan Kukuljević-Sakcinski, Ante Starčević, Miroslav Krleža, Izidor Kršnjavi, Ivan Krstitelj Tkalčić, Tadija Smičiklas, Antun Gustav Matoš, Stjepan Radić, Dragutin Domjanić i još mnogi drugi. Svoju drugu gimnaziju u Hrvatskoj isusovci su otvorili u Dubrovniku 1619. godine.