Ideju za enciklopediju dali su 1999. Hrvatsko kulturno društvo „Napredak“, Hrvatsko društvo za znanost i umjetnost iz Sarajeva, Sveučilište u Mostaru, Hrvatsku zajednicu Herceg-Bosnu, Maticu hrvatsku, Vrhbosansku metropoliju i Hrvatsku zajednicu iseljenika BiH.

Ona je isprva predviđala pokretanje Leksikona Hrvata BiH, no prometnula se u znatno ambiciozniji projekt čiji je konačni cilj izdati enciklopediju u četiri sveska što bi se, prema dosadašnjoj dinamici, moglo okončati u idućih dvanaest godina. 
Drugi svezak Hrvatske enciklopedije BiH objavljen je uz financijsku potporu hrvatskog ministarstva kulture i vladina ureda za Hrvatske izvan Hrvatske.

Glavni urednik enciklopedije od njezina prvog sveska je akademik Jakov Pehar, na njoj su radila 34 urednika struka te više od 180 suradnika iz različitih znanstvenih područja.

Koordinator drugog sveska, književnik Ivan Lovrenović ističe kako je to bio posebno zahtjevan dio cijelog projekta, jer su u njemu koncentrirale sve najvažnije teme iz povijesne, političke, kulturne, znanstvene i vjerske problematike vezane uz enciklopedijski prikaz života Hrvata u BiH.
„Abecedna logika“ tako je u ovom svesku obuhvatila najzahtjevnije odrednice poput Hrvata, Hrvatske, Ilirizma, Hercegovine, franjevaca, Jugoslavije.

Sve te teme morale su biti obrađene u formatu makropedijskih ili velikih enciklopedijskih članaka pri čemu su neke po prvi puta u povijesti obrađivane iz perspektive bosanskohercegovačkih Hrvata.

Lovrenović ističe kako je možda najvažniji veliki članak o Hrvatima u BiH, prvi takve vrste uopće.
Predmet enciklopedija su Hrvati iz BiH, bez obzira žive li oni u njoj ili ne, no odnosi se i na osobe i događaje izvan hrvatskog etničkog kruga koje su na relevantan način vezane uz život i kulturu Hrvata u BiH.