Novi je papa ponovno otvorio rad Koncila vodeći ga do samoga kraja. Podupro je neke od revolucionarnih promjena, kao što je služenje mise na materinjim jezicima, proširio je kardinalski zbor, ukinuo indeks zabranjenih knjiga te Sant'Uffizio, pretvorio u Kongregaciju za nauk vjere. Na čelo te "čuvarice crkvenih zakona" imenovao je dotadašnjeg zagrebačkog nadbiskupa Franju Šepera. U doba pojave kontracepcijske pilule govorio je protiv pobačaja i objavio encikliku "O ljubavi i braku".

Papa Pavao VI. prvi je nasljednik na Petrovoj stolici koji je putovao izvan granica Europe. Prvi je posjetio Ameriku i Ujedinjene narode, odakle je pozivao na mir u tadašnjem hladnoratovskom svijetu. Radi pomirenja s kršćanskim crkvama posjetio je Jeruzalem i Carigrad gdje se susreo s patrijarhom Atenagorom.

Za pontifikata Pavla VI. uspostavljeni su i ponovni diplomatski odnosi između Jugoslavije i Svete Stolice koje je Beograd prekinuo 1952. zbog slučaja Stepinac. Bulom "Qui Vicariam" (Kvi Vikariam) administrativno je podijelio Crkvu u Hrvata na četiri nadbiskupije: Zagrebačku, Splitsku, Riječku i Sarajevsku, dok je Zadarska ostala neposredno podređena Svetoj Stolici. Papa Pavao VI. kanonizirao je šibenskog franjevca Nikolu Tavelića, prvog službeno proglašenog hrvatskog sveca, i tako još jednom dokazao veliku naklonost Svete stolice prema hrvatskom narodu.

Izdvajamo kao zanimljivost događaj koji je bio nesvakidašnji za ono vrijeme. Prvi je put u službeni posjet poglavaru Rimokatoličke crkve došao šef jedne komunističke zemlje. S papom Pavlom VI. u ožujku 1971. u sklopu posjeta Italiji susreo se komunistički vođa Josip Broz Tito. Protokoli su mjesecima dogovarali svaki detalj. Jugoslavenski predsjednik morao je biti u fraku ili svečanoj odori a „drugarica Jovanka u crnoj ili vrlo tamnoj odjeći s crnim velom i zatvorenim izrezom oko vrata.“ Uoči puta savjetnici komunističkog diktatora skrenuli su mu pozornost kako bi papa mogao zahtijevati da 25. prosinca, dan Isusova rođenja, katolicima bude neradni dan i savjetovali mu da ne ulazi u otvorena pitanja  o unutarnjoj politici. Jednoipolsatni razgovor u papinoj biblioteci naposljetku se sveo na razmjenu mišljenja o vanjskoj politici. Tito je obećao i poboljšanje odnosa s Katoličkom Crkvom. Razmijenjeni su i darovi: Tito je papi darovao Pietu, brončani reljef Tome Rosandića, a od Svetog je Oca dobio sliku rimskog krajolika.