Koncil je najavio još Angelo Giuseppe Roncalli, netom nakon što je izabran za papu Ivana XXIII. u siječnju 1959. godine. Papa je izjavio da je došlo vrijeme da se prozori Crkve otvore za svjež zrak.

Budući da su pripreme dugo trajale, Drugi vatikanski koncil naposljetku je počeo tek nakon tri godine. Na Koncilu je sudjelovalo oko 2540 biskupa s pravom glasa. Poziv na sudjelovanje prihvatili su pravoslavni i protestantski vjerski predstavnici te više od 30 pripadnika drugih kršćanskih zajednica.

Već na prvome zasjedanju Ivan XXIII. istaknuo je da cilj Koncila nije ponavljanje dogmi, već 'aggiornamento', to jest 'posadašnjenje', kako bi Crkva opstala 'pred licem vremena'. Koncil je odisao dijalogom konzervativnih snaga i mladih 'progresista'. Na prvom zasjedanju 'progresisti' su izborili da se Misa služi na narodnim jezicima, a ne više na latinskom. No, o ostalim pitanjima biskupi se nisu mogli složiti, pa je prvo zasjedanje završilo bez vidljiva uspjeha.

Tijekom novih priprema umro je papa Ivan XXIII., ali njegov nasljednik Pavao VI. odmah je najavio daljnji rad. Na trećem zasjedanju, potkraj 1964., donesene su upute za život i službu svećenika, o obnovi redova te o kršćanskome odgoju. Na posljednjoj javnoj sjednici papa Pavao VI. svečano je objavio ukidanje međusobnog izopćenja Zapadne i Istočne Crkve iz vremena raskola 1054. godine. Uz mnoge važne enciklike posebno se ističu dogmatske konstitucije 'Dei Verbum' i 'Lumen Gentium', kojima su ponovno definirani temelji Katoličke crkve i vjere.

Drugi vatikanski koncil zauzeo se za dijalog i suradnju Crkve i svijeta u zajedničkom nastojanju za ljudsko dobro. Otvorio je mogućnost progresivnim, liberalnim snagama da osvježe ustajalu krv europskog kršćanstva. Koncil je utjecao i na vjerske prilike u Hrvatskoj, u kojoj je narod još više prigrlio katoličku vjeru. Godine 1963. počeo je izlaziti i 'Glas Koncila' s geslom: 'Novo lice Crkve', i to zaslugom kardinala Franje Šepera.