Povijest toga znamenitog Zavoda, u kojem su se školovali hrvatski svećenici, seže u davnu prošlost, čak do 1441. godine. No, najvažniji je datum u njegovu postojanju 1901. godina, kada je Lav XIII. dokinuo stare institucije Gostinjca i Kaptola i osnovao moderno učilište pod nazivom "Svećenički zavod svetog Jeronima za hrvatski narod." Taj povijesni preokret izazvao je pravu diplomatsku buru u Austro-Ugarskoj koja se smatrala pokroviteljem svetojeronimskih ustanova u Rimu. Talijanski iredentisti čak su nasilno zaposjeli prostorije Zavoda. Hrvatsko ime zasmetalo je i kneževini Crnoj Gori koja je zatražila njegovu zabranu pa čak – uvođenje srpskog naziva uz hrvatski. Papa Lav XIII. morao je popustiti pa je Zavod nazvan Ilirskim. Imovinom su najprije nasilno upravljali austrougarski povjerenici, a zatim Italija i Jugoslavija. Tek 1928. imovina Zavoda predana je Svetoj Stolici.

Od tog vremena Zavod je počeo normalno djelovati. Nekad u davnini, svetojeronimska bratovština zabrinjavala je namjernike iz hrvatskih zemalja, a, što je posebno zanimljivo, kanonici Kaptola bili su samo Hrvati. Bio je to jedini nacionalni Kaptol u povijesti Rima. Time je tijekom mnogih stoljeća uspostavljena stalna hrvatska prisutnost u Vječnom Gradu. Unatoč svim teškoćama posljednjih stotinu godina Hrvatski zavod svetog Jeronima izrastao je u pravo rasadište visokoobrazovanih hrvatskih svećenika. Zabilježeno je da je u Zavodu od 1901. godine 305 svećenika bilo na poslijediplomskom studiju, od kojih su 173 promovirana u doktore znanosti, a čak 27 imenovano je biskupima.