U 16. stoljeću u Europi je došlo do duboke vjerske i duhovne krize i podjele na protestante i katolike. Habsburški vladari imali su za svoje duhovne vođe Isusovce, tada najučenije redovnike, čija je strategija bila da u sve veće gradove uvedu škole, dovedu svjetlo znanja i obrazovanja.

S tim ciljem isusovci su 23. studenoga 1627. godine u Rijeci započeli  nastavu u prvoj gimnaziji. Uz svečanu misu i propovijed na hrvatskom jeziku Ivana Krstitelja Agatića, senjsko modruškog biskupa i rođenog Riječanina, isusovci su u Rijeci počeli katoličku obnovu. Više znanja - stvara se čvršća vjera - bio je njihov moto. Škola je imala 6 razreda, 4 gramatička, 1 iz poezije i 1 iz retorike, a gimnaziju je pohađalo oko 200 učenika. Rijeka je sa školom dobila pravu nacionalnu ustanovu pa je zbog toga mnogima politički smetala.

Godine 1896. škola se preselila na Sušak, ali je i dalje uspješno nastavila svoju kulturno-obrazovnu ulogu. Nastava je u početku bila na latinskom jeziku, a nekoliko godina kasnije, krajem 17. stoljeća, počela je uporaba hrvatskog jezika, ali samo kratko.

Međutim od 1861. s prekidom od 1941. do 1943. hrvatski, kao nastavni jezik, u stalnoj je upotrebi.

Bogata povijest riječke gimnazije kao i njezina duga tradicija dala je veliki broj znamenitih Hrvata poput Ivana Mažuranića, Ivana pl. Zajca, Ljudevita Jonkea, Slobodana Novaka, Antuna Motike i  mnogih drugih poznatih hrvatskih političkih i kulturnih djelatnika.