U četiri godine od prvog Papina pohoda Hrvatskoj, koja je doživjela teška iskušenja progonstva i rata, vratila je sve svoje okupirane krajeve. Stotine tisuća prognanika vraćeno je na svoja ognjišta, obnovljena su mnoga razorena naselja i crkve čime su stvorene pretpostavke za obnovu sveukupnog pa tako i vjerskog života. Bio je to, rekao je Papa u svom govoru u zagrebačkoj zračnoj luci, nastavak putovanja iz rujna 1994. U svom je drugom posjetu Papa spojio dva velika središta hrvatske i crkvene i državne povijesti, Zagreb i Split, kojeg je posjetio uz proslavu 17 stoljeća grada.

- Dolazim k vama kao hodočasnik Evanđelja, slijedeći stope prvih svjedoka vjere. Dolazim ubrati plodove hrabroga svjedočanstva što su ga pružali pastiri i vjernici sve od prvih stoljeća kršćanstva. Ti su se plodovi očitovali u svemu svojemu bogatstvu posebno u teškim vremenima: u doba rimskih progona, na početku, zatim u doba turskoga prodora i okupacije te u najnovije vrijeme, u doba strašnoga komunističkog progona - rekao je Papa u svome prvom govoru u zagrebačkoj zračnoj luci.

3. listopada, u hrvatskome nacionalnom marijanskom svetištu Mariji Bistrici u kojem se okupilo više od 500.000 vjernika zbio se povijesni događaj u životu Crkve i hrvatskog naroda. Papa je proglasio blaženim kardinala Alojzija Stepinca, mučenika Crkve i jednog od najvećih hrvatskih crkvenih velikodostojnika.
 
- Blaženi Alojzije Stepinac nije prolio krv u doslovnom smislu riječi. Njegova je smrt uzrokovana dugotrajnim patnjama, koje je podnio: posljednjih je 15 godina njegova života bilo obilježeno neprekinutim nizom zlostavljanja posred kojih je odvažno izložio vlastiti život radi svjedočenja za Evanđelje i za jedinstvo Crkve - rekao je Papa u Mariji Bistrici.
 
Naglasio je kako se u osobi novoga blaženika spaja cjelokupna tragedija koja je pogodila hrvatsko pučanstvo i Europu tijekom ovoga stoljeća obilježena trima velikim zlima: fašizmom, nacizmom i komunizmom.

- On je sada u nebeskoj slavi okružen svima onima koji su, kao i on, dobar boj bili, kaleći svoju vjeru u kušnjama i nevoljama. U njega danas s pouzdanjem upiremo svoj pogled ištući njegov zagovor - rekao je Sveti Otac.
 
Stepinac je, kako je rekao papa Ivan Pavao II., dobro znao da se ne može popuštati kad je u pitanju istina, jer istina nije roba kojom se može trgovati.
 
- Zbog toga mu je bilo draže prihvatiti patnju nego li izdati svoju savjest i iznevjeriti obećanje dano Kristu i Crkvi - rekao je Papa i istaknuo kako Stepinac nije bio sam u tome svjedočenju, nego su uz njega bili i brojni hrvatski biskupi, svećenici i vjernici laici.

Izrazio je divljenje i zahvalnost na tom svjedočenju u teškim vremenima.

- Slušamo njihov snažni poziv na praštanje i pomirbu. Oprostiti i pomiriti se znači očistiti sjećanje od mržnje, zavade, želje za osvetom, znači priznati bratom čak i onoga koji nam je nanio zlo, znači ne dopustiti da nas pobjedi zlo, nego zlo svladavati dobrom – rekao je Papa.