Kada je Martin Luther spalio bulu pape Lava X., Crkva se suočila s ozbiljnim problemom pobune nekoliko njemačkih propovjednika koja je poput požara zahvatila pola Europe. U situaciji opće nesigurnosti i siromaštva, na poticaj njemačkog cara Karla V. Habsburškog, uvjerenog katolika, i unatoč protivljenjima francuskog kralja Franje I.; papa Pavao III. saziva 19. ekumenski sabor Katoličke Crkve u današnjem Trentu u Italiji. Započet u prosincu 1545. trajao je osamnaest godina, i završio na današnji dan 4. prosinca 1563.

Tridentski sabor imao je dva glavna cilja: riješiti problem protestantizma i pokrenuti obnovu u Crkvi. Raspravljalo se o autoritetu Svetog pisma; o izvoru kršćanske doktrine, o spasenju ljudi, o istočnom grijehu, o crkvenoj disciplini, o prihodima i o ovlasti Crkve.

Na saboru je odlučeno da je službena katolička Biblija latinska Vulgata – koju je u 4. stoljeću s grčkog na latinski preveo sveti Jeronim. Uz nju u autoritativne tekstove ubrajaju se i oni apokrifi – to jest knjige koji se nalaze u grčkom prijevodu Starog zavjeta. Biblija i crkvena predaja su ravnopravni izvor kršćanske doktrine - objave. Kanonom je propisano da tumačenje Svetog pisma pripada samo crkvi i papi te je pod prijetnjom ekskomunikacije zabranjeno svako drugo neovlašteno tumačenje. Koncil je proglasio Krista ustanoviteljem svih sedam sakramenata i ujednačio način slavljenja mise u cijeloj Crkvi.

Na koncilu je objavljeno 16 dogmatskih dekreta, a među njima su dekreti o ženidbi, o čistilištu, oprostu, štovanju svetaca i relikvija. Ženidba je valjana samo ako je sklopljena pred župnikom i dva svjedoka; potvrđena je praksa davanja oprosta, ali se treba potpuno iskorijeniti stjecanje materijalne dobiti. Potvrđen je nauk o postojanju Čistilišta, kao i običaj zazivanja zagovora svetaca, te štovanje njihovih relikvija i slika.

Nakon sabora uređeni su novi Brevijar, Misal i novo izdanje Biblije, a uređivanjem crkvene discipline i uprave potaknuta je obnova u Crkvi. U tome je puno pomoglo i djelovanje svetog Ignacija Loyolskog i osnivanje Družbe Isusove.