Pogođen i velikim dijelom razoren je samostan zajedno sa klasičnom gimnazijom, koja je uz samostan djelovala od 1941. godine.

Prilikom napada srušeno je cijelo južno krilo samostana. Tijekom zračnog napada poginulo je osam redovnika. Poginuli su fr. Anđelko Orlandini, fr. Manes Karninčić, fr. Jordan Viculin, fr. Robert Karninčić, fr. Serafin Lupi, fr. Herman Andromak, fr. Branimir Korač, fr. Toma Rogulj i Ivan Čuljat.

Stradali redovnici pokopani su na Mirogoju, a sprovodne obrede vodio je zagrebački nadbiskup bl. Alojzije Stepinac. Učenici drugog razreda, upravitelj i ostali nastavnici prošli su neozlijeđeno. Jedino je o. Hijacint Eterović zadobio lakšu ozljedu glave. Preživjeli u ruševinama bili su prebačeni u bolnice.

Nakon napada škola je na kraće vrijeme prekinula sa radom. Susretljivošću nadbiskupa Stepinca i ravnateljstva Nadbiskupskog Bogoslovnog sjemeništa na Kaptolu, 20. ožujka 1944. godine počela je redovita škola u tom sjemeništu.

Nadbiskup Stepinac je odmah došao na samostanske ruševine da se pomoli za poginule, a zatim je otišao u bolnice posjetiti ranjene. Stepinac je pozvao zagrebačke vjernike da po župama skupljaju priloge za stradale redovnike. Dominikancima je za smještaj ustupio dvorac u Brezovici i pomagao materijalno te ponudio vodstvo kapele ''Ranjeni Isus".

Dominikanskoj nakladi "Istina" darovao je svoj prijevod dviju knjiga s francuskoga: A. Pradel "Krunica" i "Misli sv. Male Terezije o Nebeskom Ocu" i svoje propovijedi.

Uprava Provincije povodom desete godišnjice njegova biskupskog posvećenja predala mu je povelju kojom ga proglašava doživotnim dionikom duhovnih dobara Hrvatske dominikanske provincije i poklonila mu je spomenar te sva lijepo uvezana izdanja naklade "Istina".

Braća franjevci Hrvatske provincije sv. Ćirila i Metoda, također su priskočili u pomoć. Odmah su dominikancima za smještaj ponudili svoj samostan u Samoboru, hranu i domaće životinje koje su imali na samostanskom gospodarstvu. Također su dominikancima ustupili i svoju crkvu.

Iako su redovnici boravili na raznim mjestima u gradu nastavili su svoj posao u gimnaziji, tako samostan nije bio nikada napušten.

Nakon završetka rata, prostorije u kojima je bila gimnazija uređene su za sobe redovnika i sva su se braća ponovo našla na okupu. Blagdan Kraljice svete Krunice bio je svečano proslavljen, a nadbiskup Stepinac je vodio slavlje.

- Prigodom blagdana Svete Krunice posjetio sam samostan dominikanaca, koji pomalo uskrsava iz razvalina i rasula. S istom vjerom očekujemo, da će uskrsnuti i njihova nasilno ukinuta gimnazija kao i sve ostale katoličke škole u novom sjaju i pravoj istinskoj slobodi - napisao je blaženi Stepinac u samostanskoj kronici.